Magno José Borges é acusado de ter atuado no DOI-Codi e de ter sido agente do Serviço Nacional de Informações (SNI). Hoje, segundo a mesma denúncia, seria servidor da Agência Brasileira de Inteligência (Abin), em Belém, no Pará.
Magno e outro agente da Abin do Pará, Armando Souza Dias, teriam comandado uma operação da agência para ocultar restos mortais encontrados em 2001 no Forte do Castelo. A denúncia, feita por Paulo Fonteles Filho, membro do Comitê Paraense pela Memória, Verdade e Justiça, está sendo investigada pela Comissão de Direitos Humanos do Senado, que solicitou esclarecimentos à Abin. Os restos mortais encontrados podem ser de desaparecidos políticos mortos pela ditadura militar na região do Araguaia.
Ainda segundo Paulo Fonteles Filho, Magno José Borges participou diretamente de torturas e assassinatos de militantes da Guerrilha do Araguaia nos anos 1970.