Aton Fon Filho tinha 16 anos quando os militares tomaram o poder no Brasil, em 1964, e naquele mesmo ano se tornou membro do Partido Comunista Brasileiro (PCB). Depois, engajou-se na resistência armada contra a ditadura. No final de 1969, foi preso e torturado por sua atuação na Ação Libertadora Nacional (ALN), organização comandada por Carlos Marighella, que morrera meses antes.
Passou quase dez anos no cárcere. Ao ser liberado, em 1979, dedicou-se aos estudos. Formou-se em Direito e se tornou advogado de causas e movimentos sociais, tais como o Movimento dos Trabalhadores Sem-Terra (MST), especializando-se em conflitos agrários e direitos de populações tradicionais. Membro da Rede de Advogados Populares, atuou também como advogado de militantes e presos políticos. Mesmo libertado ainda durante o período militar, Aton Fon Filho só foi legalmente anistiado em outubro de 2013, pela Caravana da Anistia.